Sultan Üçüncü Selim, 24 Aralık 1761 tarihinde İstanbul'da doğdu. Babası Sultan Üçüncü Mustafa, annesi Mihrişah Sultan'dır.
Annesi Gürcüdür. Kahinlere inanan babası Sultan Üçüncü Mustafa, onların yeni doğan oğlu Selim'in eşsiz bir cihangir olacağını söylemeleri üzerine, büyük bir sevince kapılmış, yedi gün yedi gece bayram yapılmasını emretmiştir. Sultan Üçüncü Selim, doğum günündeki bu hava içinde büyüdü. Sarayda çok güzel bir şekilde yetiştirildi. Sultan Üçüncü Mustafa, kendisinden sonra oğlu Sultan Üçüncü Selim'in padişah olmasını istemişti. Ancak, babasından sonra padişahlığa amcası Sultan Birinci Abdülhamid getirildi. Sultan Birinci Abdülhamid, Sultan Üçüncü Selim'i sarayda göz önünde bulunduruyor, ancak yine de onun eğitimine önem veriyordu. Amcası Sultan Birinci Abdülhamid'in ölümü üzerine 7 Nisan 1789 günü 28 yaşındayken Osmanlı tahtına oturdu.
